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内设部门
 

  水利部水土保持监测中心内设综合处、监测处、技术处和咨询评估处。
  综合处
  负责财务管理和计划编制;负责资产管理、文件档案管理;组织开展水土保持技术培训;承办水土保持宣传工作;负责中心日常工作和领导交办的其他事项。
  监测处
  负责全国水土保持生态环境监测网络建设与管理工作,负责水土流失生态环境状况普查和动态监测,承办综合防治情况及效益调查分析工作;承担全国水土保持监测网络规划;负责建立全国水土保持信息系统和数据库;负责国家水土保持监测网站的建设和维护;承担水土保持学会监测专业委员会日常工作;承担中心领导交办的其他事项。
  技术处
  承担全国水土保持规划编制及其指导工作;承担全国水土保持技术规范、规程和标准编制工作;承担全国水土保持科技开发和技术推广工作;承担水土保持有关重大项目的实施管理工作;承担水土保持生态建设防治工程项目前期的技术评审工作;承担水土保持国际交流与合作的具体性事务工作和项目办公室的日常工作;承办水土保持生态建设政策、法规调研和拟定工作;承担水土保持学会小流域专业委员会的日常工作;承办中心领导交办的其他事项。
  咨询评估处
  承担非水利行业大中型生产建设项目水土保持方案技术评审工作;承担水土保持学会预防监督专业委员会日常工作;承办中心领导交办的其他事项。